Pole magnetyczne jakie wytwarza aparat MR może być przyczyną zaburzeń w funkcjonowaniu urządzeń elektrycznych w tym rozrusznika serca, czy neurostymulatorów. Osoby z wszczepionymi urządzeniami elektronicznymi nie mogą wchodzić do pomieszczenia aparatu.
Podczas badania istnieje również ryzyko podniesienia temperatury okolicznych tkanek u pacjentów z wszczepionymi elementami metalowymi, w tym endoprotezami, klipsami naczyniowymi lub ciałami obcymi.
Bezwzględnym przeciwwskazaniem do wykonywania badania rezonansu magnetycznego są wszczepione u pacjenta urządzenia elektryczne i elektroniczne, a w szczególności:
Metalowe endoprotezy, stenty w naczyniach wieńcowych i innych niż wieńcowe po upływie 8 tygodni od wszczepienia, wkładki domaciczne, szwy i ciała obce w innej lokalizacji są względnym przeciwwskazaniem do badania MR.
Pierwszy trymestr ciąży jest również względnym przeciwwskazaniem do wykonania badania. O wykonaniu badania decyduje lekarz radiolog.